home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ CD School House 9 / CD School House 9.0 - Wayzata Technology (1994).iso / pc / dos / misc / mvsp13 / read.me < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-03-03  |  5.2 KB  |  116 lines
  1.               ADDITIONAL DOCUMENTATION FOR M.V.S.P.
  2.                 VERSION 1.3 (Released Feb., 1986)
  3.  
  4.     This distribution disk of MVSP, A Multivariate Statistical 
  5. Package, should contain the following files:
  6.  
  7.     READ.ME             - The file you are now reading
  8.     MVSP.COM            - The MVSP program itself
  9.     MVSP.000            - Overlay file needed for the MVSP program
  10.     MVSP.DOC            - Full documentation 
  11.     JOLIMOSI.DAT        - Example data file 
  12.     GAUCH.DAT           -   "       "   "
  13.     REFORMAT.COM        - Utility for reformating data files
  14.     REFORMAT.PAS        - Source code for REFORMAT
  15.  
  16.     When you first receive this disk, you should make a backup of 
  17. the disk, and then print out the manual.  The file MVSP.DOC is 
  18. already formatted, so that it may be sent directly to your 
  19. printer.  This is most easily done by entering the following 
  20. command at the DOS prompt:
  21.  
  22.     COPY MVSP.DOC LPT1
  23.  
  24.     The manual describes the operation of the program and gives 
  25. some specifics about how these procedures are computed.  It does 
  26. not, however, attempt to teach you about how these procedures 
  27. should be used, nor does it dwell on the assumptions and 
  28. derivations of the techniques.  It does, however, have a 
  29. reference list of sources which I have found useful in studying 
  30. these techniques.  If you are not already familiar with these 
  31. procedures, I urge you to spend some time learning about these 
  32. procedures and the assumptions they make about the data.
  33.  
  34.     Also please read the section on the User Supported Concept.  
  35. This program is being distributed as user supported software.  If 
  36. you find this program to be of value, you are encouraged to send 
  37. a voluntary contribution ($25 suggested) to support further 
  38. programming efforts.  I will notify all registered users of 
  39. updates to the program and they will be entitled to new versions 
  40. for only the cost of distribution.  Registered users may also 
  41. obtain a version of the program compiled for the 8087 math 
  42. coprocessor, which speeds up the calculations greatly.  
  43.  
  44.     Whether you register or not, you are still encouraged to copy 
  45. and distribute this program.  Thank you!
  46.  
  47.  
  48. 
  49. REFORMAT.COM
  50. ============
  51.  
  52.     The program REFORMAT.COM is a utility I've written to convert 
  53. data files between the MVSP format and the compressed format used 
  54. by DECORANA.  DECORANA is a detrended correspondence analysis 
  55. program developed by M.O. Hill and distributed by Hugh G. Gauch 
  56. (see Hill & Gauch, 1980, ref. in MVSP manual).  It was written in 
  57. FORTRAN for various mainframe computers, but I've recently run 
  58. accross a version which was adapted for the IBM PC by Christopher 
  59. Clampitt (Department of Botany, Univ. of Washington, Seattle, WA 
  60. 98195).  
  61.  
  62.     DECORANA uses a compressed data file format in which only 
  63. non-zero abundances are included.  Rather than reformatting and 
  64. rewriting my data matrices by hand every time I run them through 
  65. DECORANA, I wrote a utility to quickly convert them.  I'm passing 
  66. it on to MVSP users with the assumption that many people who use 
  67. MVSP will also be interested in using DECORANA.
  68.  
  69.     This reformatting utility is run by type the following 
  70. command at the DOS prompt:
  71.  
  72.     REFORMAT infilename [outfilename]
  73.  
  74. where 'infilename' is the name of your input file and 
  75. 'outfilename' is the name of the new file for the converted 
  76. matrix.  If 'outfilename' is not specified, then the input file 
  77. name is used, with a new extension, '.RFM'.
  78.  
  79.     If REFORMAT finds an MVSP file header (discussed in MVSP 
  80. manual), then it will convert this file to DECORANA format, after 
  81. asking whether the DECORANA file should be set up for an octave 
  82. transformation (see DECORANA documentation).  If the MVSP file 
  83. header is not found, it will assume that the input file is in the 
  84. proper format for DECORANA, and will convert it to MVSP format.  
  85. If the file is not in the correct format for DECORANA, the 
  86. results will be unpredictable (but you will probably get a 
  87. numeric format error).  Note that, due to the lack of built in 
  88. formatting capabilities in the read procedure in Pascal, the 
  89. format statement in the DECORANA file is not followed.  Instead, 
  90. the data are read in free format, so that data elements must be 
  91. separated by spaces.  I hope to correct this in a future version 
  92. of this program.  The labels, however, are read in a A8 format, 
  93. so that they need not be separated by spaces.  
  94.  
  95.     I've included the Turbo Pascal source code for REFORMAT, so 
  96. that you can see how it works and so that you can modify it if 
  97. you wish.  Note that this is written using some features specific 
  98. to the Version 3 compiler, particularly the command line 
  99. parameter parsing function PARAMSTR.  This program will not 
  100. compile under the Version 2 compiler.  
  101.     
  102.     If you find any bugs in the program, or you you come up with 
  103. a particularly ingenious modification, I would appreciate if you 
  104. would contact me and tell me about it.  All I ask is that you do 
  105. not distribute modified versions of this program.  Thanks.
  106.  
  107.     Warren L. Kovach                            
  108.     Department of Biology
  109.     Indiana University
  110.     Bloomington, IN   47405
  111.  
  112.     - Feb. 15, 1986
  113.  
  114.  
  115.  
  116.